Apotik Komik sebagai sebuah kelompok dibentuk pada 25 April 1997 oleh 13 mahasiswa ISI Yogyakarta. Kelompok ini diinisiasi oleh Samuel Indratma, Bambang 'Toko' Witjaksono, dan Arie Dyanto. Kemungkinan besar pemilihan ‘Apotik’ sebagai nama adalah dengan maksud agar audiens mampu menjadi sembuh dari penyakit sosial-budaya melalui membaca komik; mengingat apotik sebagai sebuah istilah yang langsung merujuk ke sebuah tempat yang menjual obat-obat. 

‘Pameran Komik Dinding’ menjadi karya mereka yang pertama. Dengan membuat mural di dinding seluas 700m x 2m, masyarakat bereaksi positif. Setelah itu mereka mulai berkarya dalam bentuk komik cetak, dengan distribusi secara manual. Pada Juli 1999, Apotik Komik melanjutkan berkarya dalam sebuah proyek komik dinding dengan judul “Public Art Exhibition”. Tema dalam eksibisi tersebut adalah “Sakit Berlanjut”.
Dengan membuat alternatif komik, mereka berharap untuk mampu memiliki ruang secara lebih luas untu mengekspresikan ide mereka kepada publik. Publik yang mereka maksud adalah masyakat yang telah terisolasi dari seni di dalam galeri. Mereka banyak menggunakan metafora dalam karyanya, meski juga menampilkan isu sosial politik secara aktual. Karya mereka banyak dipengaruhi oleh gaya budaya pop. Apa yang telah dibuat oleh Apotik Komik menyuarakan pentingnya memperlakukan seni gambar sama seperti seni ainnya. Hal ini semakin nampak dari kolaborasi seni dengan tema “Under Estimate” pada 1999. Bagi mereka komik bukan hanya sebatas material dua dimensi, melainkan juga sebagai moda ekspresi. Selain berkarya dalam bentuk mural, Apotik Komik juga memproduksi serial komik seperti Komik Seni, Komik Underground, Komik Ampyang, Core Comic, dan Komik Haram.
Pada 2002 pun, Apotik Komik telah memberi gebrakan yang cukup besar kepada Jogja melalui seni mural. Dengan proyek yang bertajuk ‘Sama-sama, Mural Kota 2002’, Apotik Komik memoles empat titik di Kota Yogya, yaitu Jembatan Layang Lempuyangan, Jalan Perwakilan, Jalan Prof. Dr. Herman Yohanes dan Jalan Beskalan. Karena proyek ini, anak-anak muda di sekitar Kali Code menjadi termotivasi untuk membuat mural di tanggul Kali Code sepanjang 600 meter. Masih sebagai kelanjutan dari proyek ‘Sama-sama’, Apotik Komik bekerja sama dengan CAMP (Clarion Alley Mural Project) San Fransisco untuk membuat mural di Yogyakarta dan San Fransisco pada 2003. Akan tetapi selang tiga tahun setelah proyek Sama-sama selesai, Apotik Komik resmi undur diri. Fenomena ini ditandai dengan peluncuran buku tentang proyek seni mereka, Sama-Sama/Together, di Jogja Gallery, Sabtu malam, 7 Oktober 2006.
Apotik Komik mencoba menunjukkan perkembangan seni indi kontemporer di Yogyakarta serta fenomena sosial yang berlangsung di masyarakat. Bukan hanya fenomena eksotisme atau mitos, melainkan kebobrokan pemerintah, birokrat yang amoral, kemiskinan, konflik agama, serta jatuh bangunnya kehidupan demokratis yang terjadi.